SuperAPI AI 工具集

bio-workflows-multiome-pipeline

办公与效率

查看项目

更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:对 10X Multiome(联合 scRNA-seq 与 scATAC-seq)数据进行联合分析,使用 R 的 Seurat 与 Signac 完成从加载到整合的完整流程。

主要能力与流程:

  1. 加载数据:用 Read10X_h5 读取 filtered_feature_bc_matrix.h5,分别取 Gene Expression 与 Peaks;用 CreateChromatinAssay 构建 ATAC assay,可结合 CreateFragmentObject 与 EnsDb 注释。
  2. RNA 处理:计算 percent.mt,按 nCount_RNA 与线粒体比例过滤,SCTransform 标准化,RunPCA。
  3. ATAC 处理:NucleosomeSignal、TSSEnrichment 计算质控指标并过滤,RunTFIDF、FindTopFeatures、RunSVD(LSI),用 DepthCor 检查深度相关成分。
  4. WNN 整合:FindMultiModalNeighbors 使用 pca 与 lsi(如 dims.list = list(1:30, 2:30)),RunUMAP 生成 wnn.umap,FindClusters 在 wsnn 图上聚类。
  5. 联合分析:DimPlot 对比各降维,VlnPlot 查看 RNA.weight,FindAllMarkers 分别找 RNA 标记基因与 ATAC 差异可及性峰。
  6. 基因-峰关联:RegionStats 与 LinkPeaks 建立峰-基因连接,CoveragePlot 可视化。

使用方式:需安装 Seurat、Signac、EnsDb.Hsapiens.v86、BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38、ggplot2。资料给出完整脚本,含配置目录、质控、处理、整合、保存 RDS 与输出 PDF。

限制:资料注明参考示例经 ggplot2 3.5+ 测试,使用前应核对已安装版本(R 用 packageVersion 与 ?function 验证参数);若出现 ImportError、AttributeError 或 TypeError,应检查已安装包并调整示例以匹配实际 API,而非重试。其他平台、收费与性能信息暂未提供。