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bio-workflows-multi-omics-pipeline

办公与效率

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:该技能提供多组学整合的端到端工作流,覆盖数据协调、MOFA+ 因子分析、mixOmics 多变量整合、相似性网络融合(SNF)以及跨转录组、蛋白组、代谢组等模态的联合通路解释。

主要能力:按模态预处理、样本匹配协调、特征选择过滤、整合(MOFA2/mixOmics/SNF)、因子或成分解释、下游分析(如富集与生存分析)。文档给出 MOFA2 完整流程(读取各模态数据、取共同样本、按方差选特征、create_mofa、配置并 run_mofa、方差解释与因子可视化、权重提取、clusterProfiler GO 富集、survival/survminer 生存分析、导出结果),mixOmics DIABLO 流程(构造 X 列表与 Y、design 矩阵、perf 与 tune.block.splsda 调参、block.splsda 建模、plotIndiv/plotVar/circosPlot/cimDiablo 可视化、性能与 auroc),以及 SNF 流程(dist2、affinityMatrix、SNF、spectralClustering、displayClustersWithHeatmap)。

使用方式:在 R 中按示例调用相应包;文档提示参考示例经 clusterProfiler 4.10+、ggplot2 3.5+、scanpy 1.10+ 测试,使用前用 packageVersion('<pkg>') 与 ?function_name 核对版本与参数;若出现 ImportError、AttributeError 或 TypeError,应检查已安装包并调整示例以匹配实际 API,而非重复重试。

适用场景:多组学样本匹配后的联合因子/成分发现、生物标志物特征提取、因子与表型关联、通路富集与生存分析;也提供缺失样本(create_mofa_from_df)与单细胞多组学(create_mofa_from_Seurat)变体。

限制:文档给出质控检查点(样本共享>80%、每模态缺失<20%、特征有方差、模型收敛 ELBO 平台、因子方差>5%),失败时需相应处理;具体安装命令、收费与平台信息暂未提供。