用途：提供从亚硫酸氢盐测序（BS-seq）FASTQ 到差异甲基化区域（DMR）的完整分析流程，主路径为 Bismark + methylKit。
主要能力与步骤：1）质控与修剪，推荐 Trim Galore（处理接头偏好），也可用 fastp 保守设置；2）Bismark 比对，需先用 bismark_genome_preparation --bowtie2 genome/ 准备基因组，再执行 bismark --genome genome/ -1 ... -2 ... -o aligned/ --parallel 4 --temp_dir tmp/；3）去重，使用 deduplicate_bismark --bam -p；4）甲基化提取，使用 bismark_methylation_extractor --paired-end --comprehensive --bedGraph --cytosine_report，并用 bismark2report、bismark2summary 生成报告；5）methylKit 分析，用 methRead 读取胞嘧啶报告，filterByCoverage（lo.count=10）、normalizeCoverage、unite 合并样本；6）DMR 检测，calculateDiffMeth 后 getMethylDiff（difference=25，qvalue=0.01），可用 tileMethylCounts（win.size=1000）划分区域，并导出 CSV、用 genomation 注释。
质控要点：比对效率 >50%（BS-seq 通常 40-70%），转化率 >99%。
限制与排错：低比对率属 BS-seq 正常现象；转化率低需检查 spike-in 对照；DMR 少可增加测序或放宽阈值；M-bias 可修剪读段末端 10bp。参数建议：Trim Galore 默认、Bismark --parallel 4、methylKit lo.count 10、difference 25、qvalue 0.01、DMR 窗口 500-1000bp。资料未提供安装命令、收费与平台信息。