用途：将宏基因组 FASTQ 数据一路处理到物种分类与功能通路丰度结果，覆盖质控、去宿主、分类、丰度估计、功能分析和可视化。
主要能力：
- 质控与去宿主：fastp 去接头与过滤，Bowtie2 去除宿主读段。
- 物种分类：Kraken2 分类，Bracken 估计丰度并合并多样本矩阵；备选 MetaPhlAn 标记基因分析并合并结果。
- 功能分析：HUMAnN 计算通路丰度，humann_renorm_table 归一化，humann_join_tables 合并。
- 可视化：用 pandas、matplotlib、seaborn 绘制 Top 物种热图与堆叠柱状图。
使用方式：按流程顺序执行各步骤命令，示例中通过 for 循环批量处理样本。关键命令包括 fastp、bowtie2、kraken2、bracken、combine_bracken_outputs.py、metaphlan、merge_metaphlan_tables.py、humann、humann_renorm_table、humann_join_tables。
参数建议：fastp --length_required 50；Kraken2 --confidence 0.0 或 0.1；Bracken -r 读长（如 150）、-l S 或 G、-t 10；MetaPhlAn --min_cu_len 2000；HUMAnN --threads 8+。
适用场景：鸟枪法宏基因组样本的物种与功能谱分析。
限制：结果依赖参考数据库，低分类率或高未分类可能源于数据库不匹配、新物种或宿主污染；HUMAnN 处理大文件较慢。资料未提供具体数据库构建步骤、安装命令及收费信息。