用途:该技能提供成像质谱流式(IMC)从原始采集到空间细胞分析的端到端工作流,串联图像预处理、分割、单细胞定量、聚类表型与空间分析。
主要能力:流程分为六步——数据预处理(溢出校正、热像素过滤)、细胞分割(Cellpose 或 Mesmer)、单细胞定量(强度、区域属性、邻接关系)、聚类与表型注释、空间分析(邻域富集、共现、Ripley 统计)、可视化。同时给出 Python(anndata/scanpy/squidpy)与 R(imcRtools/cytomapper/CATALYST)两条实现路径,并附 QC 检查点与高plex、肿瘤微环境等工作流变体。
使用方式:以 steinbock 命令行为主,例如初始化项目 steinbock preprocess imc --mcd data/*.mcd --panel panel.csv --output raw/,热像素过滤 steinbock preprocess imc hotpixel --input raw/ --output img/ --threshold 50,分割 steinbock segment cellpose --input img/ --panel panel.csv --channel DNA1 DNA2 --output masks/ --diameter 20,定量 steinbock measure intensities 与 measure neighbors --distance 15。随后在 Python 中读取 intensities.csv、regionprops.csv、neighbors.csv 构建 AnnData,做 arcsinh 变换(cofactor 5)、PCA、UMAP、Leiden 聚类与 squidpy 空间分析;R 侧可用 read_steinbock 读取结果并 buildSpatialGraph、detectCommunity。
适用场景:IMC 高plex 面板、肿瘤微环境空间互作、细胞类型比例比较等。
限制:资料未提供具体安装命令、依赖版本、运行环境要求、性能数据与收费信息;分割参数(如 diameter)与聚类分辨率需按数据调整,QC 失败时按表调整阈值或参数。