用途：提供从测序读长到抛光、质量评估的完整基因组组装流程，覆盖短读长、长读长与混合三种路径。
主要能力：
- QC 与过滤：短读长用 fastp，长读长用 NanoPlot。
- 组装：短读长用 SPAdes（含 --careful、--isolate），长读长用 Flye（--nano-raw、--nano-hq、--pacbio-hifi）。
- 抛光：短读长用 Pilon，长读长用 medaka（需匹配 basecalling 模型）。
- 质量评估：QUAST（可带参考与 GFF）与 BUSCO（需下载 lineage 数据库，如 bacteria_odb10）。
- 混合路径：Flye 长读长组装后用短读长 Pilon 抛光。
使用方式：按流程依次执行各工具命令，例如 fastp 过滤、spades.py 或 flye 组装、bwa+samtools+pilon 或 medaka_consensus 抛光、quast.py 与 busco 评估。资料提供完整 bash 脚本示例，含 THREADS、GENOME_SIZE、BUSCO_LINEAGE 等变量。
适用场景：细菌、真核等基因组组装；短读长、长读长或混合数据；需要 N50、BUSCO 等指标评估时。
限制：资料未提供软件版本、安装方式、运行时间、内存下限、许可与收费信息；参数建议表仅给出部分推荐值（如 SPAdes -m 细菌 64GB、真核 256GB+；Flye --genome-size 细菌 5m），实际需按物种与数据调整。排错表列出组装碎片化、N50 低、BUSCO 低、组装过大等可能原因与解决方向。