用途:把差异表达(DE)结果或排序基因列表转化为通路与功能层面的生物学解读,覆盖GO、KEGG、Reactome富集及可视化。
主要能力:基因ID转换(bitr,SYMBOL转ENTREZID);GO过表达分析(enrichGO,BP/MF/CC,可用simplify去冗余);KEGG与Reactome通路富集(enrichKEGG、enrichPathway);GSEA(gseGO、gseKEGG);可视化(dotplot、barplot、emapplot、cnetplot、gseaplot2、ridgeplot);结果导出为CSV。
方法选择:有全基因排序统计量(如Wald stat)时优先GSEA;仅有明确基因列表时用ORA;存在基因长度偏倚用GOseq;细菌等原核数据用KEGG locus tag或KO;多条件比较用compareCluster或mitch,不要跨条件直接比较p值。
使用方式:先准备DE结果,取显著基因(如padj<0.05且|log2FoldChange|>1)作ORA输入,背景应使用所有被检验基因而非全基因组;GSEA用排序列表,推荐Wald统计量。随后依次做ID转换、ORA、GSEA、可视化与导出。示例代码基于DESeq2 1.42+、clusterProfiler 4.10+、ReactomePA 1.46+、ggplot2 3.5+,使用前需核对版本。
限制:原核生物无org.*.eg.db,需改用KEGG或自定义映射;基因ID格式或物种错误会导致转换失败;基因过少或阈值过严可能无富集结果;GSEA结果受排序质量与基因集大小影响。资料未提供收费、平台与效果数据。