用途：该技能给出从 ChIP-seq 原始 FASTQ（IP 与 Input）到注释峰的完整工作流，主路径为 Bowtie2 + MACS3 + ChIPseeker。
主要能力：1) 用 fastp 做质控与修剪；2) 用 Bowtie2 建索引并比对，经 samtools 过滤、排序、去重、去 chrM；3) 用 MACS3 调用 narrow 或 broad 峰；4) 计算 FRiP、生成 bigWig 与 fingerprint 图；5) 用 ChIPseeker 注释峰并导出 CSV 与启动子基因列表。
使用方式：按步骤执行命令，例如 fastp 处理双端样本、bowtie2-build 建索引、bowtie2 比对后经 samtools 处理、macs3 callpeak 调用峰（narrow 用 -q 0.01，broad 用 --broad --broad-cutoff 0.1），再用 R 的 ChIPseeker 注释。资料还提供完整 bash 脚本与参数建议表。
适用场景：转录因子或组蛋白修饰的 ChIP-seq 分析，需要从原始数据得到注释峰与 QC 报告时。
限制：资料未提供软件版本、安装方式、运行环境要求、运行时长与硬件需求；QC 阈值（比对率、FRiP 等）为建议值，需按实际数据判断；黑名单过滤等仅作为排错建议提及，未给出具体命令。