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bio-workflow-management-wdl-workflows

办公与效率

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更新于 10-16 06:13

技能介绍

用途:用 Workflow Description Language(WDL)创建可移植的生物信息学分析流程,并可选用 Cromwell、miniwdl 等执行引擎运行。文档示例覆盖从单任务到完整 RNA-seq 流程的写法。

主要能力:定义 task 与 workflow;使用 input、output、command、runtime 等区块;以 scatter 实现并行执行,支持配对样本;用 if 实现条件执行;用 struct 定义复杂类型;通过 import 组合子工作流;用 JSON 提供输入;支持字符串插值、表达式、文件大小与磁盘空间计算;runtime 可配置 docker、cpu、memory、disks、preemptible、maxRetries、zones、bootDiskSizeGb 等。

必要用法:校验语法 womtool validate workflow.wdl;生成输入模板 womtool inputs workflow.wdl > inputs.json;本地运行 Cromwell 使用 java -jar cromwell.jar run workflow.wdl -i inputs.json;轻量本地运行使用 miniwdl run workflow.wdl -i inputs.json;也可上传 WDL 与 inputs.json 到 Terra 运行。可用引擎包括 Cromwell、miniwdl、Terra、AnVIL(基于 Terra)、dxWDL。相关替代方案有 CWL、Snakemake、Nextflow 流程。

适用场景与限制:适合需要容器化、可移植、可并行的生物信息学流程,如质控、比对、定量与变异检测。资料未说明收费、价格、平台约束或性能效果;具体镜像与工具版本需按实际环境确认。