用途:该技能面向生物信息学分析,帮助用 Nextflow DSL2 编写可扩展、容器化、可移植的流水线,覆盖本地、集群与云端执行场景。
主要能力:支持 DSL2 模块与子工作流(include、take/main/emit)、nextflow.config 参数与 profiles、Docker/Singularity 容器、SLURM 等集群执行器、AWS Batch 云端执行、资源标签(withLabel)、错误处理(errorStrategy、maxRetries)、缓存与断点续跑(-resume)、通道操作(fromFilePairs、fromPath、splitCsv、combine、collect、mix)以及发布目录 publishDir。资料给出 FASTQC、SALMON_QUANT、FASTP、MULTIQC 等流程示例,并附完整 RNA-seq 流水线。
使用方式:以 main.nf 定义 workflow,模块放入 modules/,子工作流放入 subworkflows/,通过 nextflow.config 配置参数、资源与 profiles。常用命令:nextflow run main.nf -resume;nextflow clean -f;nextflow log;云端示例:nextflow run main.nf -profile awsbatch -bucket-dir s3://my-bucket/work。
适用场景:RNA-seq 等组学数据的质控、比对与定量流程,需要在本地、HPC 或云上一致运行的场景。
限制:资料未提供具体版本要求、安装步骤、收费信息或性能数据;示例中的镜像、队列、账号等需按实际环境替换。