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bio-workflow-management-cwl-workflows

办公与效率

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:用 Common Workflow Language(CWL)编写可移植、标准化的生物信息学分析流程,适合需要在不同执行环境间迁移的工作流。

主要能力:定义 CommandLineTool(如 fastqc、bwa mem、salmon quant),支持参数绑定、secondaryFiles、stdout 与 glob 输出;定义 Workflow 步骤与输入输出映射;支持 scatter 并行与 dotproduct 多输入 scatter;支持条件步骤(when)、子工作流、文件数组与目录、JavaScript 表达式、InitialWorkDirRequirement。

容器与资源:通过 DockerRequirement 指定镜像(如 biocontainers/bwa:v0.7.17、quay.io/biocontainers/salmon:1.10.0--h7e5ed60_0),可用 SoftwareRequirement 声明软件版本;ResourceRequirement 设置 coresMin/coresMax、ramMin/ramMax、outdirMin、tmpdirMin。

使用方式:编写 .cwl 文件与 job.yaml 输入文件,常用命令包括 cwltool --validate workflow.cwl、cwltool workflow.cwl job.yaml、cwltool --docker workflow.cwl job.yaml、cwltool --singularity workflow.cwl job.yaml、cwltool --cachedir ./cache workflow.cwl job.yaml,以及 toil-cwl-runner workflow.cwl job.yaml。执行引擎可选 cwltool(本地参考实现)、Toil(HPC 与云)、Arvados、CWL-Airflow。

适用场景:RNA-seq 等生信流程的标准化封装与跨平台运行。

限制:资料未提供具体收费、平台支持范围或性能数据;实际可用性取决于本地容器与执行引擎环境。