用途：对 VCF 文件生成变异统计、样本一致性与质量指标，用于评估变异质量、比较样本、检测样本互换。
主要能力：bcftools stats 输出综合统计，含 SN（样本数、记录数、SNP、indel、多等位位点、Ti/Tv）、TSTV、SiS、AF、QUAL、IDD、ST、DP 等分节；支持 -s - 生成每样本统计，支持 -r 区域统计、-R exome.bed 外显子统计，也可同时传入两个 VCF 做比较。bcftools gtcheck 检查样本身份与一致性，-g 对照参考面板，-G 1 做两两比较，输出 DC 行含不一致率、比较位点数与不一致位点数。bcftools query 可自定义汇总，如计数变异、按类型计数、PASS 变异计数、QUAL/DP 分布、基因型计数、等位基因频率谱、样本列表与每样本变异数。plot-vcfstats -p 输出目录 stats.txt 可生成 summary.pdf 与 PNG 图。
使用方式：常用命令包括 bcftools stats input.vcf.gz > stats.txt；bcftools stats input.vcf.gz | grep "^SN"；bcftools stats -s - input.vcf.gz > per_sample.txt；bcftools stats input1.vcf.gz input2.vcf.gz > comparison.txt；bcftools gtcheck -g reference.vcf.gz query.vcf.gz；bcftools gtcheck -G 1 input.vcf.gz > relatedness.txt；plot-vcfstats -p output_dir stats.txt。也可用 cyvcf2 在 Python 中统计 SNP/indel、QUAL 分布、基因型分布与 Ti/Tv。
适用场景：质控报告、过滤前后比较、样本亲缘/一致性检查、区域或外显子统计。
限制：资料未提供安装方式、版本要求、性能数据与收费信息；plot-vcfstats 未安装时会报 not found，空 VCF 会无数据，无效 VCF 会无法打开。