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bio-structural-biology-alphafold-predictions

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:当蛋白质缺少实验结构时,从 AlphaFold 蛋白质结构数据库下载并分析预测结构。

主要能力:按 UniProt 登录号下载单个结构(PDB、mmCIF)与 PAE JSON;检查预测是否存在;获取基因、物种、模型版本等元数据;从 PDB 的 B-factor 列提取 pLDDT 置信度并绘图;加载并绘制 PAE 矩阵;批量下载多个 UniProt ID;与实验结构做叠合计算 RMSD。

使用方式:通过 requests 访问 https://alphafold.ebi.ac.uk/files 下的文件,命名规则为 AF-{id}-F1-model_v4.pdb、AF-{id}-F1-model_v4.cif、AF-{id}-F1-predicted_aligned_error_v4.json;元数据接口为 https://alphafold.ebi.ac.uk/api/prediction/{uniprot_id}。pLDDT 存于 B-factor 列,可用 Bio.PDB 解析;PAE 用 json 与 numpy 加载。

适用场景:无实验结构的蛋白建模、结构域边界判断、柔性区域识别、预测与实验结构对比。

限制:数据库版本 v4(2025 年现状),版本号指数据库发布而非模型版本;pLDDT 低于 50 提示可能无序或错误,50-70 需谨慎;PAE 高值表示相对位置不确定。资料未提供收费、平台与效果信息。