用途：从 RNA-seq 数据定量可变剪接，核心指标为 PSI（inclusion 证据 / (inclusion + skipping 证据)），并按不同定量单元选择工具族。资料强调首要决策是问题需要哪个工具族，而非直接选工具；族内换工具通常无法解决系统性盲区。
主要能力与工具族：事件型（rMATS-turbo、SUPPA2、VAST-TOOLS）基于注释的 SE/A5SS/A3SS/MXE/RI；LSV 型（MAJIQ V3）基于局部剪接变异；连接簇型（leafcutter）无注释聚类；剪接图型（Whippet、Shiba）；覆盖感知型（IRFinder-S、S-IRFindeR、iREAD）专用于内含子保留；转录本型（Salmon/kallisto + tximport）。资料还列出微外显子、exitron、AFE/ALE、detained intron、递归剪接等扩展事件类型及检测注意事项。
使用方式：rMATS-turbo 以 BAM + GTF 运行，示例命令含 --novelSS、--variable-read-length、--libType fr-firststrand、--statoff，并解析 SE.MATS.JC.txt 的 IncLevel 列计算平均 PSI；SUPPA2 先用 suppa.py generateEvents 生成 ioe，再用 psiPerEvent 从 TPM 计算；MAJIQ V3 用 majiq build、majiq psi、voila view，V3 以 Zarr 替代旧 SQLite；leafcutter 用 regtools junctions extract 提取连接后聚类。
适用场景：注释生物的标准事件、复杂多连接事件、异质队列、无注释生物、低覆盖/少重复设计、跨物种比较、内含子保留专项分析。
限制：SUPPA2 受注释限制且低重复时 FDR 偏高；rMATS 存在连接读不平衡；MAJIQ 内存需求高且需学术许可；leafcutter 簇拓扑对复杂事件不可解释；Whippet 约 2022 年后维护状态不确定；IRFinder-S 仅限 IR。资料建议高置信报告需两个不同算法族工具一致，并记录 ΔPSI>0 对应的剪接形式。具体版本兼容性、许可与价格等细节以资料为准，未提供的信息暂未提供。