用途：预测DNA变异是否改变mRNA剪接，区别于一般致病性判断，专门回答变异是否改变剪接位点使用。
主要能力：介绍预测器分类（上下文感知CNN、组织感知CNN/transformer、模块化区域CNN、基础transformer、经验查表、复合评分）及工具选择矩阵。SpliceAI用于临床筛查与经典剪接位点破坏，输出0-1 delta分数；Pangolin提供脑、心、肝、睾丸四组织ΔPSI；MMSplice输出校准的Δlogit_psi；SpliceVault基于公共RNA-seq给出Top-N错误剪接结果；CADD-Splice输出单一复合分数。
使用方式：SpliceAI命令行示例：spliceai -I input.vcf -O output.vcf -R GRCh38.primary_assembly.genome.fa -A grch38 -D 50 -M 0；深内含子变异可将-D提高到500-2000。Pangolin需先用gffutils建库，再运行pangolin input.vcf 参考基因组 gencode.db 输出目录 -d 500 -m True -s 0.2。MMSplice通过Python的SplicingVCFDataloader与MMSplice模型预测并保存CSV。结果解析：SpliceAI INFO字段为ALLELE|SYMBOL|DS_AG|DS_AL|DS_DG|DS_DL|DP_AG|DP_AL|DP_DG|DP_DL，delta取四者最大值。
适用场景：临床变异报告、组织特异性问题、未解决孟德尔病例、VUS panel筛查、经典位点破坏后果预测、分支点变异、剪接转换ASO设计、患者RNA验证、深内含子假外显子预测。ClinGen SVI 2023框架：SpliceAI delta≥0.20为PP3支持性致病，≤0.10为BP4支持性良性，均为支持性权重；0.5/0.8是工具自身精度层级，非证据强度升级；PVS1需经典±1/±2位点破坏加LoF与NMD背景；RNA证据PS3/BS3优先于计算证据。
限制：SpliceAI仅支持人类（grch37/grch38），默认50nt窗口漏检深内含子；Pangolin仅四组织，外推差；MMSplice对非典型事件弱；分支点工具（BPP、LaBranchoR、SVM-BPfinder、BPHunter）整体较弱；新工具临床采用有限。需记录工具版本、距离窗口与参考转录本，不一致时优先RNA验证。