用途：对空间转录组数据做质控、过滤与归一化，为后续空间域识别和标记基因分析准备计数矩阵。
主要能力：先按平台分叉——测序/spot 类（Visium、Visium HD、Slide-seq、Stereo-seq）以 spot/bin 为混合单元，质控 UMI/spot、基因数/spot、线粒体比例、cells/spot；成像/原位类（Xenium、MERSCOPE/MERFISH、CosMx、seqFISH）以分割细胞为单位，质控低转录本下限、细胞面积与阴性对照 FDR。可标注阴性对照探针与线粒体基因、计算 QC 指标、按平台设定阈值，并在过滤前用空间散点图检查质控指标的空间分布。
使用方式：依赖 squidpy 1.5+、scanpy 1.10+、anndata 0.10+、spatialdata 0.2+。用 sc.pp.calculate_qc_metrics 计算指标，用 sq.pl.spatial_scatter 空间检查，用 sc.pp.filter_cells/filter_genes 过滤；归一化可选 normalize_total+log1p、Pearson 残差、SCTransform、细胞体积/面积或 SpaNorm。
适用场景：Visium 等 spot 数据的全转录组分析，以及 Xenium、MERFISH、CosMx 等靶向 panel 成像数据的预处理。
限制：阈值依赖组织类型且带一定主观性，成像约 10 转录本/细胞为社区惯例而非厂商规范；成像 panel 基因数上限即 panel 大小，高基因数不等于双细胞；线粒体基因常不在 panel 上，pct_counts_mt 质控常不可行；基因计数类归一化在偏斜 panel 上会引入偏差，Pearson 残差与 SCTransform 不能修正。具体版本兼容与最新最佳实践需核对已安装工具文档。