SuperAPI AI 工具集

bio-spatial-transcriptomics-spatial-neighbors

通用与其它

查看项目

更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:为空间转录组数据构建空间邻居图,即定义哪些细胞或 spot 互为空间邻居,并以稀疏权重矩阵形式写入 adata.obsp。该图是下游空间统计(Moran's I、Geary's C、邻域富集、共现、图神经网络空间域)实际使用的空间权重矩阵 W,改变邻接定义会改变这些统计结果,因此需对图选择做敏感性分析。

主要能力:按平台类型建图。Visium 六边形晶格用 coord_type='grid',邻接关系精确已知;Xenium、MERFISH、CoSMx 等成像点云用 coord_type='generic',可选 kNN(固定邻居数)或 Delaunay(无参数接触图)。核心命令为 squidpy.gr.spatial_neighbors(),结果写入 adata.obsp['spatial_connectivities'] 与 adata.obsp['spatial_distances']。也可用 radius=(min, max) 裁剪 Delaunay 的跨空洞长边。

必要用法:先确认 adata.obsm['spatial'] 的坐标单位是微米还是像素,否则半径参数无物理意义;可用仅取最近邻的临时图测量中位最近邻间距,与平台已知间距(Visium 约 100 微米中心到中心)比对。建议在多个 k 值与 Delaunay 下分别建图、分别重算下游统计,报告跨图稳健的基因、细胞对或域。建图后检查度分布与连通分量,度为零表示碎片化,极端高度数提示密度驱动的 hub。

限制:不存在唯一正确的 W,图越密越会过度平滑并放大自相关,越稀越会碎裂并漏掉中尺度结构;固定半径图在密度不均时会产生纯密度伪影,kNN 会扭曲物理距离,未裁剪 Delaunay 会跨越坏死空洞。单张切片只是三维组织的平面切面,不能据此断言三维接触;被截断细胞转录本不全并影响度数。Visium spot 是 1-10 个细胞的混合,spot 邻接不应直接解释为细胞接触。