用途：在单细胞层面分析可变剪接（AS）。首要决策是文库化学而非工具：10X 3'（Chromium v3、GEM-X、v4、Flex）逆转录自 poly(A)，多数读段落在 3'UTR，全转录组剪接推断基本不可行；10X 5' 仅部分改善；Smart-seq2、Smart-seq3/xpress、FLASH-seq、VASA-seq、STORM-seq 及单细胞长读长（MAS-Iso-seq + PacBio Kinnex、scISOr-Seq2、ONT、FLAMES）才适合逐细胞异构体分析。
主要能力：工具选择矩阵——MARVEL 适合板式与 v2+ 液滴统一流程，含 SE/A5SS/A3SS/MXE/RI 等事件与模态分类；BRIE2 提供贝叶斯变异 PSI 与 ELBO_gain 检验；scQuint 为无注释连接簇定量，作者明确不建议用于 10X；SpliZ 无注释发现细胞状态相关剪接；Psix 检验轨迹上受调控 AS；Sierra 用于 10X 3' 的 APA 而非剪接；pseudobulk leafcutter/rMATS 提供簇间差异剪接的统计效力。
使用方式：先按版本核对已安装包签名；MARVEL 需构建宽表剪接连接矩阵（首列 coord.intron，列为细胞），再 CreateMarvelObject 后 ComputePSI、AssignModality、CompareValues；BRIE2 用 brie-count 与 brie-quant（--interceptMode gene、--LRTindex All、--testBase null、--MCsize 3、--batchSize 1000000、-p 16）配合 LRT；SpliZ 为 Nextflow 流程；Psix 传入 PSI 矩阵与 kNN 图；Sierra 用 FindPeaks、CountPeaks、AnnotatePeaksFromGTF、NewPeakSeurat、DUTest。
适用场景：板式全长数据的细胞类型盒式外显子分析、无事件库的细胞状态剪接发现、沿伪时间的受调控 AS、低覆盖细胞的带不确定性 PSI、明确细胞类型间的差异剪接、10X 3' 的 APA 分析、全长单细胞异构体。
限制：10X 3'/5' 有效连接读段极低，多数剪接分析报告伪影；MID 模态可能为技术混杂；snRNA-seq 含未完成剪接，IR 需谨慎解读；BRIE2 依赖 TensorFlow、大样本易 OOM；scQuint 仅限板式；微外显子需长读长或低 overhang 比对器。缺失信息（收费、价格、具体平台支持）暂未提供。