用途：从单细胞转录组推断代谢物介导的细胞间通讯，即从表达合成酶的细胞推断代谢物存在，再对表达其传感器或转运蛋白的细胞打分，属于细胞通讯推断中假设性最强的一层。
主要能力与方法：MEBOCOST 对代谢物“发送者→接收者”通讯打分，基于产酶表达估计胞外代谢物水平，评估酶—传感器配对，并做标签置换 FDR。scFEA 估计每个细胞的代谢通量（相对值，需匹配物种的模块/化学计量文件）。Compass 通过通量平衡分析估计每个细胞的代谢状态，输出每个反应每细胞的分数。NeuronChat 面向神经递质与神经调质通讯。
使用方式（MEBOCOST）：用对数归一化的 AnnData（基因 SYMBOLS 而非 Ensembl ID）与指向 mebocost.conf 的配置文件创建对象，例如 from mebocost import mebocost 后调用 mebocost.create_obj(adata=adata, group_col='cell_type', met_est='mebocost', config_path='./mebocost.conf', species='human', cutoff_prop=0.15, thread=8)，再用 infer_commu(n_shuffle=1000, seed=12345, Return=True, min_cell_number=10, pval_method='permutation_test_fdr', pval_cutoff=0.05) 推断；按 FDR（非原始 p 值）过滤，区分 Transporter 类低置信度结果，比较条件时应分条件运行而非直接比较原始数量。
适用场景：代谢物细胞间串扰、条件间代谢状态或通讯差异、神经系统递质通讯等。
限制：scRNA-seq 不直接测代谢物，酶 mRNA→蛋白→活性→通量→胞内池→分泌→胞外浓度→接收方感知的链条每步皆为假设；存在双向转运蛋白、环境 RNA、细胞数与测序深度、无空间几何等混杂，结果只能作假设生成，须用代谢组学、质谱成像、同位素示踪或扰动验证，并明确陈述推断链条。各方法与数据库持续更新，提交前应核对实际安装版本、数据库版本与物种配置文件。