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bio-single-cell-hashing-demultiplexing

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:在细胞或细胞核哈希实验中,每个样本在混合前用带寡核苷酸标签的试剂标记(CITE-seq 抗体 HTO、MULTI-seq 脂质/胆固醇标签、CellPlex CMO)。技能用于把每个细胞的标签计数向量归类到主导标签,并标记两个标签同时偏高的跨样本双细胞。

主要能力:比较哈希去多重化、遗传去多重化与表达双细胞检测三种不同问题;给出 HTODemux、MULTIseqDemux、hashsolo、demuxEM、GMM-Demux、demuxmix 的适用与失效条件;提供 CLR 归一化、阈值与先验参数参考;列出常见错误与排查方向。

必要用法:R 中可用 NormalizeData(..., normalization.method='CLR', margin=2)、HTODemux(hto, assay='HTO', positive.quantile=0.99)、MULTIseqDemux(hto, assay='HTO', autoThresh=TRUE);Python 中 sce.pp.hashsolo(adata, cell_hashing_columns=hto_cols, priors=(0.01,0.8,0.19))、pg.estimate_background_probs(hashing_data) 与 pg.demultiplex(rna_data, hashing_data, min_signal=10.0);R 中 demuxmix(as.matrix(hto_counts), rna=num_detected_genes) 与 dmmClassify(dmm)。

适用场景:标准抗体 HTO、MULTI-seq 脂质标签、细胞核哈希、高环境背景或染色不均的数据;哈希与遗传方法均无法识别同一样本内双细胞,需配合表达双细胞检测。

限制:无哈希文库时不可用;对染色失败、环境 HTO、标签捕获效率差异敏感;细胞核标签捕获低于全细胞;遗传方法无法区分同一供体的多样本;哈希方法对样本内同型双细胞不敏感。版本兼容性需按资料核对,缺失事实暂未提供。