SuperAPI AI 工具集

bio-single-cell-data-io

数据与分析

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更新于 10-16 05:49

技能介绍

用途:在 AnnData(Python)、Seurat 与 SingleCellExperiment(R)之间读取、写入、创建和转换单细胞对象,典型场景是导入 10X Cell Ranger 矩阵并在生态间迁移。参考示例经 scanpy 1.10+、Seurat 5.0+、anndata 0.10+ 测试,使用前需核对已装版本(pip show <package>、packageVersion('<pkg>')),若报 ImportError、AttributeError 或 TypeError,应内省实际 API 而非反复重试。

主要能力:Python 用 sc.read_10x_mtx()/sc.read_10x_h5() 读为 AnnData,R 用 Read10X()/Read10X_h5() 再 CreateSeuratObject();支持 h5ad、zarr、RDS、h5mu、Loom 等存储格式;转换工具包括 anndataR、zellkonverter、schard、anndata2ri、sceasy(SeuratDisk 已停更,不建议新项目使用)。

关键约定与限制:AnnData 为细胞×基因,Seurat/SCE 为基因×细胞,转换需转置并同步交换元数据轴;稀疏矩阵保持稀疏(CSR↔CSC),避免稠密化;跨生态转换默认有损,会丢 layers、obsp/varp、嵌套 uns,并可能把分类变量转为字符。Cell Ranger filtered 矩阵是 cell-called 而非去环境 RNA,应保留 RAW 未过滤矩阵以供 EmptyDrops、SoupX、CellBender 使用。注意默认值陷阱:gex_only=True 会丢 Antibody/CRISPR 特征,var_names 默认用符号不稳定,write_loom 默认丢 obsm/varm,backed='r' 仅 X 修改落盘,sceasy 的 drop_single_values=TRUE 会删常量列,cache=True 按键路径缓存可能返回陈旧对象。

限制:具体平台、收费与价格资料未提供。