用途：把 Salmon/kallisto/RSEM 等产生的转录本水平定量文件导入 R，汇总为基因水平计数，并生成每个基因、每个样本的平均长度偏移，供 DESeq2 或 edgeR 做基因水平差异表达分析；也可保留转录本水平用于差异转录本使用（DTU）分析。
主要能力：tximport 不只是把转录本计数相加，而是返回 txi$counts、txi$abundance（TPM）、txi$length（长度偏移来源）。countsFromAbundance 决定正确性：默认 'no' 返回估计计数加独立长度偏移，适合全长文库配 DESeq2/edgeR；'lengthScaledTPM' 把长度校正并入计数，适合不能接收偏移的工具（如 limma-voom）；'scaledTPM' 用于转录本水平 DTU；'dtuScaledTPM' 按中位异构体长度缩放。3' 端建库（10x、QuantSeq、Lexogen）读段计数不随转录本长度变化，应使用默认导入但用 DESeqDataSetFromMatrix(round(txi$counts), ...) 构建，避免自动施加长度偏移。
tx2gene 为两列数据框，列顺序必须是 TXNAME 在前、GENEID 在后，可由 GTF（txdbmaker::makeTxDbFromGFF）、biomaRt 或索引 t2g 生成。常见静默失败是转录本 ID 版本后缀不一致，可用 ignoreTxVersion = TRUE、ignoreAfterBar = TRUE 或统一去除版本号解决。
用法：tximport::tximport(files, type='salmon', tx2gene=tx2gene)；DESeq2 用 DESeqDataSetFromTximport(txi, colData=coldata, design=~condition) 自动应用偏移；edgeR 需手动对长度矩阵做几何均值中心化、结合组成校正文库大小取对数后经 scaleOffset 附加。注意不要重复施加偏移。tximeta 通过校验和识别参考序列来源，自动附加转录本区间与版本元数据，可用 makeLinkedTxome 与 tximeta(coldata)、summarizeToGene 构建。
适用场景：全长文库的基因水平差异表达、转录本水平 DTU、需要参考来源可追溯的分析。
限制：需保证定量文件与注释的 ID 一致；版本不匹配会静默丢弃转录本；3' 端建库不应使用长度缩放模式；转录本水平检验需额外处理不确定性（catchSalmon、swish/fishpond、sleuth）。资料未提供具体收费、平台与效果信息。