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bio-restriction-sites

编程与开发

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:在 DNA 序列中查找限制性内切酶的切割位点,基于 Biopython 的 Bio.Restriction 模块实现。

主要能力:可用单个酶(如 EcoRI.search(seq))搜索切割位置;用 RestrictionBatch 批量搜索多个酶;使用内置酶库 AllEnzymes(800+ 种)或 CommOnly(仅商业可得酶)配合 Analysis 类分析。支持线性与环状 DNA(linear=False 表示环状,如质粒)。可通过 print_that_cut、print_that_dont_cut、print_once_cutters、print_twice_cutters 或 only_cut、only_dont_cut、once_cutters、twice_cutters 等方法筛选结果。可读取酶信息,如识别序列 site、esite、突出端 ovhg、是否平末端 is_blunt、5'/3' 突出端、突出端序列 ovhgseq、同裂酶 isoschizomers、兼容末端 compatible_end。支持按名称从 AllEnzymes 获取酶,并可遍历 FASTA 多序列逐一分析。

使用方式:从 Bio import SeqIO 读取 FASTA 序列,从 Bio.Restriction 导入所需酶或 RestrictionBatch、Analysis,调用 search 或 Analysis.full() 获取结果字典。

限制与注意:位置为 1-based;切割位置表示碱基之间;默认线性 DNA;识别不区分大小写;部分酶可识别 N、R、Y 等简并碱基。资料未提供安装命令、收费、平台或性能等细节。