用途：对 FASTQ 测序数据做质量评估，并用 FastQC 生成单样本报告、用 MultiQC 汇总多样本结果。
主要能力：FastQC 每个输入生成 sample_fastqc.html 交互报告和 sample_fastqc.zip 数据包，涵盖每碱基序列质量、每序列质量分布、碱基组成、GC 分布、N 含量、序列长度分布、序列重复、过表达序列、接头含量等模块；MultiQC 聚合目录内报告，输出 multiqc_report.html、multiqc_data/ 及 multiqc_fastqc.txt、multiqc_general_stats.txt、multiqc_sources.txt 等表格。
用法：单样本运行 fastqc sample.fastq.gz，多样本 fastqc *.fastq.gz，可加 -o 指定输出目录、-t 设置线程。汇总用 multiqc .，可用 -o 指定输出、-n 命名、-f 覆盖、--flat、--export、-m fastqc 及 --ignore/--ignore-samples 过滤。解压 zip 后可查看 summary.txt 或用 grep 提取 fastqc_data.txt 指标；也可用 pandas 读取 multiqc 表格做程序化分析。批量流程可先对原始数据跑 QC，再对修剪后数据跑 QC，最后用 MultiQC 对比。
适用场景：测序前质控检查、修剪前后对比、多样本质量汇总。
限制：资料未提供各工具安装方式、支持平台、运行限制及额外依赖说明。