用途：对 FASTQ 测序数据进行质量过滤，按质量分数、读长和 N 碱基含量筛选 reads，常用工具为 Trimmomatic、fastp 和 Cutadapt。
主要能力：Trimmomatic 提供 LEADING（去首端低于 Q 的碱基）、TRAILING（去尾端低于 Q 的碱基）、SLIDINGWINDOW（滑窗平均质量低于阈值时截断）、MINLEN（丢弃过短 reads）、CROP、HEADCROP、AVGQUAL、MAXINFO 等操作。fastp 支持自定义质量阈值、5'端/3'端滑窗裁剪、--cut_right 右侧截断、--unqualified_percent_limit、-n 过滤 N 碱基、-l 最小长度与 --length_limit 最大长度。Cutadapt 可用 -q 进行末端质量裁剪并配合 -m 设定最小长度。
使用方式：单端 Trimmomatic 命令形如 trimmomatic SE -phred33 input.fastq.gz output.fastq.gz LEADING:3 TRAILING:3 SLIDINGWINDOW:4:15 MINLEN:36；双端用 PE 模式并输出 paired/unpaired 四个文件。fastp 基本用法 fastp -i in.fq -o out.fq -q 20，双端用 -I/-O。Cutadapt 用 -q 20 -m 36。常见阈值：Q15 为 fastp 默认，Q20 常用，Q25/Q30 更严格。
适用场景：可与接头去除组合成全流程（如 ILLUMINACLIP 加质量裁剪）；针对 NextSeq/NovaSeq 双色化学产生的 poly-G 末端，可用 fastp --trim_poly_g 自动检测并裁剪。
限制：资料未提供各工具安装方法、性能基准与版本要求；阈值与参数需按数据质量自行选择，暂无推荐统一标准。