用途：从 FASTQ 测序数据中去除接头序列，是读长质控流程中的常见步骤。提供 Cutadapt（精确、灵活）与 Trimmomatic（针对双端优化）两种工具。
主要能力：支持单端与双端读长；内置常见接头序列参考，包括 Illumina TruSeq Read1/Read2、Nextera 转座酶、Small RNA 3' 接头及 Poly-A 尾；支持自定义接头。Cutadapt 可处理 3'/5' 接头、多接头、锚定接头、连接接头，并可设置错误率（-e，默认 0.1）、最小重叠（-O，默认 3）、禁用 indel（--no-indels）、修剪末端 N（--trim-n）等。去接头后可过滤：最小长度（-m）、最大长度（-M）、最大 N 含量（--max-n）、丢弃已修剪或未修剪读长（--discard-trimmed / --discard-untrimmed），双端模式下可要求两条读长均通过长度过滤，并可单独输出过短读长。动作选项支持 mask、lowercase、none。Trimmomatic 支持 SE 与 PE 模式，通过 ILLUMINACLIP 指定接头 fasta 及 seed、palindrome、simple 阈值，并自带 TruSeq2/3、Nextera 等接头文件。
使用方式：Cutadapt 基本命令如 cutadapt -a AGATCGGAAGAGC -o trimmed.fastq.gz sample.fastq.gz；双端使用 -a/-A 与 -o/-p。Trimmomatic 基本命令如 trimmomatic SE -phred33 input.fastq.gz output.fastq.gz ILLUMINACLIP:adapters.fa:2:30:10，双端需指定四个输出文件。两者均支持多线程（Cutadapt -j，Trimmomatic -threads）。可用 FastQC 验证去接头效果，并用 zcat 与 wc -l 统计前后读长数。
适用场景：Illumina 等平台的 FASTQ 读长预处理，尤其是双端测序、Small RNA 及含 Poly-A 的数据。
限制：资料未提供安装步骤、版本要求、性能基准及具体运行环境说明；接头序列与参数需根据实际建库试剂盒选择，错误设置可能影响结果。