Bowtie2 是短读序列比对工具，支持端到端（默认）与局部（--local）两种模式，可进行带缺口比对，适合 ChIP-seq、ATAC-seq 等需要灵活比对的场景。
主要能力：先用 bowtie2-build 从参考 FASTA 构建索引（如 bowtie2-build reference.fa reference_index，可加 --threads 8），再执行比对。支持双端（-1/-2）与单端（-U）读段，可输出 SAM（-S）或通过管道交给 samtools 排序为 BAM。提供灵敏度预设：--very-fast、--fast、--sensitive（默认）、--very-sensitive，以及局部模式对应项 --very-sensitive-local。
常用参数：-p 线程数（默认 1）、-x 索引前缀、-I 最小片段长度（默认 0）、-X 最大片段长度（默认 500）、-k 每读段最多报告比对数（默认 1）、-a 报告全部比对、--no-mixed 抑制未配对比对、--no-discordant 抑制不一致比对。可用 --rg-id 与 --rg 添加读组，--un-conc-gz 输出未比对读段。比对统计输出到 stderr，可重定向保存。
典型用法：ChIP-seq 常用 --very-sensitive --no-mixed --no-discordant 并配合 samtools 过滤排序；ATAC-seq 可加 -X 2000 做片段长度选择。
限制：资料未提供安装方式、版本要求、性能基准与收费信息，暂未提供。