用途：把质谱产生的肽段、PSM或报告离子信号转换为归一化的“蛋白×样本”丰度矩阵。统计检验与缺失值填补不在范围内。
主要能力：非标定量可用MSstats::dataProcess（TMP）或iq::maxLFQ()；TMT/iTRAQ可用MSnbase提取报告离子并做纯度校正；多plex TMT可用样本上样归一化后再做IRS桥接；SILAC计算重/轻比值。资料还给出按场景选择方法的决策表与汇总器选择建议。
使用方式：资料提供R和Python示例，如先运行pip show <package>或packageVersion('<pkg>')核对版本；MaxQuant输入用MaxQtoMSstatsFormat()重排后dataProcess()；运行真实MaxLFQ应调用iq::maxLFQ()，不要自己实现；TMT用quantify(..., reporters=TMT10)与purityCorrect()，纯度矩阵必须用该批次试剂证书值；多plex按先样本上样、后IRS顺序处理。
适用场景：非标DDA/DIA、TMT/iTRAQ、SILAC的相对定量，以及需要绝对拷贝数时的proteomic ruler或Top3。
限制：DIA定量机制与DIA-NN执行归dia-analysis，解析MaxQuant/DIA-NN输出归data-import，蛋白推断归protein-inference。若版本与示例不一致，需据实际API调整。已知失效模式包括把MaxLFQ误写成中位数中心化、TMT比例压缩、未做IRS直接拼接plex、纯度矩阵用错批次以及SILAC精氨酸到脯氨酸转化与标记不完全。各方法的具体价格、平台支持与运行时长等细节暂未提供。