用途：把PTM/磷酸化蛋白质组分析拆成三层推断——富集化学选择、位点定位（FLR）、定量，并强调每层都可能静默失败。核心观点：富集本身就是实验，化学选择与生物学混杂；鉴定肽段不等于定位修饰；磷酸肽丰度变化不等于磷酸化变化，需用同一批样本的配对全蛋白组减去蛋白丰度变化。
主要能力：涵盖富集化学框架（TiO2、Fe-IMAC、Ti4+/Zr4+-IMAC、SIMAC）、位点定位打分（Ascore、PhosphoRS/ptmRS、PTMProphet、MaxQuant Localization prob、DIA定位、DeepFLR）、位点FLR估计（LuciPHOr、LuciPHOr2、decoy氨基酸FLR）、蛋白水平校正（MSstatsPTM::groupComparisonPTM）、motif分析与激酶活性推断（KSEA、PTM-SEA、RoKAI）。
使用方式：先展开MaxQuant Phospho (STY)Sites表的多重磷酸化列（Intensity___1/2/3），过滤Reverse/污染物与Localization prob（class I ≥0.75），生成位点强度矩阵；再用MaxQtoMSstatsPTMFormat读入evidence.txt、注释、FASTA与proteinGroups，经dataSummarizationPTM与groupComparisonPTM得到PTM.Model、PROTEIN.Model、ADJUSTED.Model，仅以ADJUSTED.Model显著者判定受调控。motif分析须用实验匹配的S/T/Y背景，而非全蛋白组。
适用场景：磷酸化位点调控判定、方法间差异排查、泛素化位点识别、激酶活性推断。
限制：不实现完整糖肽糖组成搜索与三比值SILAC绝对占有率；肽段鉴定、蛋白定量、DIA采集机制分别路由到其他技能。版本需匹配MSstatsPTM 2.4+、pandas 2.2+、numpy 1.26+、scipy 1.12+。激酶推断受PhosphoSitePlus先验偏倚限制，暗激酶不可见。未提供收费与平台信息。