用途：自下而上质谱只观测肽段，蛋白质集合需推断。本技能负责肽段到蛋白质的分组、不可区分与可包含蛋白的区分、代表蛋白约定、推断方法选择，以及蛋白质/蛋白组FDR控制。PSM与肽段级FDR、定量中razor与unique肽段的影响分别属于肽段鉴定与定量范畴；剪接异构体、单氨基酸变异、PTM蛋白变体不在范围内。
主要能力：支持基于简约法的分组（pyOpenMS BasicProteinInferenceAlgorithm，开启annotate_indistinguishable_groups），以及贝叶斯推断（EPIFANY，TOPP工具名Epifany；pyOpenMS类名随版本变化，需先用help(pyopenms.EpifanyAlgorithm)确认）。也提及ProteinProphet、Fido、MaxQuant razor肽段、picked-protein与picked-group FDR。
使用方式：加载FDR过滤后的idXML（IdXMLFile().load，protein_ids在前），运行推断后从protein_ids的getIndistinguishableProteins()读取组与代表accession。EPIFANY需输入带后验错误概率的PSM。picked-group FDR按目标/诱饵配对保留高分者再计数。
适用场景：标准DDA、OpenMS、MaxQuant、FragPipe/TPP流程，深度数据集，敏感差异丰度分析前的分组。
限制：蛋白质推断欠定，应以组而非平铺列表报告；朴素蛋白质FDR在深度数据会膨胀至10-30%，应使用picked FDR；两肽规则会升高FDR并丢弃真实蛋白，不应使用；razor定量可能造成假差异；自下而上分组无法解析蛋白变体。参考示例经pyOpenMS 3.1+、pandas 2.2+测试，版本不符需自行核对API。