用途：从 DIA 运行中鉴定并定量蛋白质。DIA 的核心不是谱图匹配，而是去卷积与峰组打分——每个宽隔离窗口的 MS2 都是嵌合的，需为候选肽重建共洗脱碎片 XIC，并针对诱饵零分布判断峰组真伪。诱饵为打乱或反转的肽查询，q 值即被接受结果中诱饵样假峰组的预期比例。
主要能力：运行 DIA 搜索引擎并按正确 q 值层级与上下文过滤输出。层级指母离子、肽、蛋白组；上下文指单次运行、实验级、全局。工具包括 DIA-NN（默认推荐，支持无库、预测库、实测库）、Spectronaut、OpenSWATH+PyProphet（可审计 run/experiment/global FDR）、EncyclopeDIA、FragPipe、Skyline、AlphaDIA。库构建与定量归一化、差异分析属其他技能范围。
用法：默认推荐预测库路线，如 diann --f sample1.mzML --f sample2.mzML --lib "" --fasta uniprot_human.fasta --fasta-search --gen-spec-lib --predictor --out diann_out/report.parquet --out-lib diann_out/report-lib.tsv --qvalue 0.01 --matrices --mass-acc 0 --reanalyse --smart-profiling。已有库时改用 --lib library.tsv 并省略 --fasta-search。DIA-NN 1.9+ 默认输出 report.parquet，需用 pandas 读取而非 report.tsv，过滤后再透视成矩阵。
限制：跨运行矩阵应过滤 Global.PG.Q.Value<=0.01，仅按单次运行 1% FDR 合并会累积错误。矩阵会额外套用 5% 单次运行蛋白 FDR，报告与矩阵蛋白数不一致属预期。错配库会静默限制覆盖。交错采集须先在转换时去复用。MBR 转移值有其自身 FDR，不应与直接鉴定等同看待。具体版本、价格与平台信息暂未提供。