用途:检测自然选择信号,包括群体分化统计与扩展单倍型纯合度分析。
主要能力与用法:
- Fst:用 scikit-allel 的 allel.hudson_fst 计算每个 SNP 的 Fst,或用 allel.windowed_hudson_fst 做窗口化统计;vcftools 可用 --weir-fst-pop 计算双群体 Fst,并配合 --fst-window-size 与 --fst-window-step 做窗口分析。
- Tajima's D:scikit-allel 提供 allel.windowed_tajima_d;vcftools 使用 --TajimaD 100000 输出 CHROM、BIN_START、N_SNPS、TajimaD。D<-2 通常提示近期选择性清除或群体扩张,D≈0 为中性演化,D>2 提示平衡选择或瓶颈。
- iHS:用 gt.to_haplotypes() 转为单倍型,过滤等位基因计数后调用 allel.ihs,并经 allel.standardize_by_allele_count 标准化,|标准化值|>2 视为显著。
- XP-EHH:用 allel.xpehh 比较两个群体的单倍型,检测已完成的清除。
- NSL:allel.nsl 作为 iHS 的替代,对重组率变化不敏感。
- Garud's H:allel.garud_h 检测软清除,或用 allel.moving_garud_h 做窗口化。
- 复合得分:可将 Fst、Tajima's D、|iHS| 分别转为秩,再取平均得到综合排序。
- 完整选择扫描:对 VCF 过滤后,用窗口化 Tajima's D 与多样性 Pi 画图。
相关技能:scikit-allel-analysis(数据读取与基础统计)、population-structure(群体划分用于 Fst)、linkage-disequilibrium(EHH 依赖 LD 模式)。
限制:资料未提供安装步骤、依赖版本、收费或平台信息,也未说明具体阈值外推与结果验证方法。