用途：面向群体遗传学的 PLINK 1.9 与 2.0 基础操作，涵盖文件格式、格式转换和质量控制过滤。
主要文件格式：二进制 BED/BIM/FAM（.bed 基因型、.bim 位点信息、.fam 样本信息）；PLINK 2.0 的 PGEN/PVAR/PSAM；文本遗留格式 PED/MAP。
格式转换：VCF 转二进制可用 plink --vcf input.vcf.gz --make-bed --out output 或 plink2 同参数；二进制转 VCF 用 --recode vcf（1.9）或 --export vcf（2.0），压缩可加 bgz。PED/MAP 转二进制仅 PLINK 1.9 支持：plink --file input --make-bed --out output。1.9 转 2.0 用 plink2 --bfile input --make-pgen --out output，反向用 --pfile input --make-bed。
质量控制：MAF 过滤 --maf、每变异缺失率 --geno、每样本缺失率 --mind、HWE 过滤 --hwe，可组合成标准 QC 流程。
样本与位点选择：--keep/--remove 保留或剔除样本，--extract/--exclude 保留或剔除位点，--chr/--not-chr 选染色体。
其他功能：--freq 计算频率（注意 2.0 输出 ALT 频率而非 MAF），--missing 输出缺失统计，--check-sex 校验性别，并可用 --update-sex、--pheno、--update-ids 更新样本信息；数据集合并用 --bmerge 或 --merge-list，位点 ID 可用 --set-all-var-ids、--update-name 设置。
限制：PLINK 2.0 不直接支持 PED/MAP，需经 1.9 转换；2.0 的 --freq 与 1.9 含义不同；具体阈值应结合研究设计判断。资料未提供安装方式、版本下载与更多细节。