bio-phylo-tree-visualization

用途：在系统发育分析流程中把树文件渲染为可发表的图，并让制图选择（几何含义、支持度标注、支撑工具）显式化。主要能力：Bio.Phylo + matplotlib 支持矩形 phylogram/cladogram、label_func/branch_labels 标注、phyloXML 分支着色与矢量导出；ggtree + treeio 支持矩形、斜向、环形、扇形、径向布局，%<+% 附加数据框、geom_tiplab/geom_nodelab/geom_cladelab、gheatmap、geom_facet 与 geom_fruit 环，并可读取 BEAST/MrBayes/IQ-TREE 显示 HPD 区间与后验；ETE4 支持矩形与环形、逐节点 NodeStyle 与 NCBI 分类注释；iTOL v6 支持大树的矩形、环形、无根布局与表格模板注释；FigTree 用于交互检查 BEAST 树并开启节点条。用法：Python 中 Phylo.read 后 Phylo.draw(tree, axes=ax, do_show=False)，脚本与无头环境须传 axes 并关闭显示，最后 savefig 矢量格式；支持度标签应写明度量名称，不可只写整数。限制：Bio.Phylo 只画矩形布局，不解析 BEAST/MrBayes 注释块，环形、扇形、无根布局及 HPD 条需改用 ggtree/ETE4/iTOL；ETE3 迁移到 ETE4 后 API 有变，须先自省。输出阈值：矩形横向标签约 50 个以内较舒适，50–150 需旋转或缩小标签，150–500 改用环形/扇形或折叠类群，超过约 500–1000 个叶节点建议按颜色分带注释；发表导出用 SVG/PDF/EPS 矢量，若必须栅格化，线稿用 >=600 dpi。无根径向图不应叙述“基部/早期分化”，无钟模型与校准的树不应画时间树，画时间树应带年龄不确定性条。安装命令、价格或收费信息暂未提供。