bio-pdb-geometric-analysis

用途：对 PDB 蛋白质结构做几何分析，适用于结构比较、构象检查与接触分析。主要能力：测量原子距离与距离矩阵；用 calc_angle、calc_dihedral 计算键角和二面角，含 phi/psi 与侧链 chi1；用 NeighborSearch 查找邻近原子、残基/链接触；用 Superimposer 叠加结构并给出 RMSD，CEAligner 处理序列不同的结构；计算质心、质量加权质心、回转半径；用 ShrakeRupley 计算 SASA 并区分埋藏与暴露残基；通过 Vector 做向量运算。用法：需从 Bio.PDB 导入 PDBParser、NeighborSearch、Superimposer、calc_angle、calc_dihedral 及 numpy；典型流程为解析 PDB 得到结构对象，按链和残基编号取原子，再调用相应函数。距离可直接相减或 np.linalg.norm；角度函数需传入 atom.get_vector()。限制：资料未提供安装命令、性能基准或与其它工具的对比；参数如接触距离、表面残基邻居数阈值、SASA 埋藏阈值需使用者自行设定。