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bio-pathway-wikipathways

测试与质量

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更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:针对 WikiPathways 社区维护的通路集合做富集分析。对阈值化基因列表用 enrichWP 做过表征分析(ORA),对带统计量的排序基因向量用 gseWP 做 GSEA。

主要能力:enrichWP 以超几何检验比对 WP GMT;gseWP 对排序向量做 running-sum FCS;rWikiPathways 提供 listOrganisms、listPathways、getPathwayInfo、getXrefList、findPathwaysByText、downloadPathwayArchive 等查询与下载接口;可用 compareCluster 比较上下调基因。

必要用法:WP GMT 以 Entrez 为键,SYMBOL/ENSEMBL 需先用 bitr 转 ENTREZID,否则静默零重叠;ORA 应把实际检测基因的 Entrez 向量作为 universe,默认 NULL 会以 WP 全部基因为背景而虚高显著性;GSEA 需构造命名且按降序排列的 Entrez 向量并固定 set.seed。

可复现性:enrichWP、gseWP、gson_WP 均下载 current/ 最新月度版本,同一代码不同月份结果不同且无报错。可复现做法是 downloadPathwayArchive(date='YYYYMMDD', organism=, format='gmt') 固定日期归档,read.gmt 后按 % 拆分 term 为 name/version/wpid/org,构造 TERM2GENE/TERM2NAME 再跑 enricher/GSEA,并在方法中报告日期。gson_WP 只冻结会话,不跨时间。

限制:WikiPathways 为社区编辑、CC0、无正式同行评审,质量不均,部分通路导入自 KEGG/Reactome,宜作为补充而非唯一依据;所有下载调用需联网;format 默认 gpml,需显式传 gmt;searchPathways 已非当前函数,改用 findPathwaysByText。参考版本为 clusterProfiler 4.18+、rWikiPathways 1.26+、org.Hs.eg.db 3.18+。