用途：对基因列表或排序基因向量做 Reactome 通路富集分析，检验过表征（ORA）或协同变化（GSEA）。Reactome 的原子单位是带 PubMed 引用的反应（ReactionlikeEvent），通路是嵌套容器，因此结果是投射到事件树上的一个信号，而非独立发现列表。
主要能力：enrichPathway 做单侧超几何检验，需 ENTREZ 基因与实测背景 universe；gsePathway 用 fgsea 对全排序向量做 running-sum，无需截断；viewPathway 按通路名称绘制本地 ggraph 反应网络图，可按 fold change 着色；ReactomeGSA 为独立 Bioconductor 客户端，用于条件间、多组学或单细胞簇的通路比较。
必要用法：enrichPathway 无 keyType 参数，非 ENTREZ 会静默返回空，须先用 bitr(..., toType='ENTREZID') 转换；省略 universe 会以约 11,200 个 Reactome 注释基因为背景而高估显著性；gsePathway 前设 set.seed 以保证置换 p 值可复现；viewPathway 首参为通路名称（Description）而非 R-HSA id，网页图需用 browseURL 打开 PathwayBrowser。
适用场景：预选显著基因列表加实测背景用 ORA；全基因带统计量、截断任意时用 GSEA；需比较条件/组学/簇时用 ReactomeGSA。
限制：ReactomePA 仅支持 human、rat、mouse、celegans、yeast、zebrafish、fly 七个物种，且仅人类为人工审编，其余为直系同源投射（小鼠约 81% 完整）；层级嵌套会重复计数，父子通路共享基因，BH 校正偏反保守，需手动去重到最深显著节点；本地 reactome.db 与 reactome.org 在线 AnalysisService 的版本、背景和标识符投射可能不一致；更深代谢覆盖需补充 KEGG。版本参考：ReactomePA 1.54+、reactome.db 1.95+、clusterProfiler 4.18+。