用途：对基因列表、排序向量或 log2FC 向量做 KEGG 通路与模块富集分析，回答“哪些 KEGG 通路被扰动”。
主要能力：第一代过表达分析 enrichKEGG（通路）与 enrichMKEGG（模块 M-number）；第二代 gseKEGG 做 GSEA；第三代 SPIA/graphite 利用 KEGG 有向带符号拓扑（KGML）计算通路扰动，仅适用于信号通路。另含 KEGG ID 映射（bitr_kegg、KO 路由、原核 locus tag）、版本固定与 pathview 通路图叠加。
必要用法：模型真核生物用 bitr 转 Entrez 并设 keyType='ncbi-geneid'；原核直接用 locus tag 与 keyType='kegg'，无 OrgDb；非模式生物映射到 KO、organism='ko'。ORA 需显式设置 universe 为“本可被判为差异表达”的基因。GSEA 需按排序指标降序的命名数值向量并 set.seed。SPIA 需命名 log2FC 向量与 universe。复现性用 gson_KEGG('hsa') 生成快照，write.gson/read.gson 持久化，再用 enricher(gene, gson=k) 或 GSEA(geneList, gson=k) 离线运行，并记录访问日期。多条件比较用 compareCluster(fun='enrichKEGG')。
限制：KEGG 是实时数据库，enrichKEGG/gseKEGG/SPIA 调用时查询 REST API，结果随时间变化；use_internal_data=TRUE 加载的是 2012 年废弃 KEGG.db，并非当前版本固定。ENSEMBL/SYMBOL 直接传入会静默返回零结果。SPIA 不适用于代谢通路。原核 locus tag 与参考基因组不匹配会静默丢基因。SPIA 在 DE ID 缺失超过约 1% 时中止。
版本参考：clusterProfiler 4.18+、org.Hs.eg.db 3.18+、gson 0.1+、SPIA 2.50+、graphite 1.56+。使用前请核对已安装版本与参数。