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bio-pathway-enrichment-visualization

数据与分析

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更新于 10-16 05:50

技能介绍

用途:把 clusterProfiler/enrichplot 的富集结果(enrichResult、gseaResult、compareClusterResult)转成图形,并决定基因集冗余是展示还是删除。参考示例针对 enrichplot 1.30+、clusterProfiler 4.18+、ggplot2 3.5+,使用前应用 packageVersion() 与 ?function 核对版本与参数。

主要能力:dotplot 以 GeneRatio、Count(大小)、p.adjust(颜色)三通道汇总,可改用 x='FoldEnrichment';barplot 仅适用于 ORA 结果,对 gseaResult 无 barplot 方法,以免丢失 NES 符号;pairwise_termsim 后可用 emapplot 展示词条网络或 treeplot 做 Ward 聚类;cnetplot 展示基因与词条的二部网络并按 fold change 着色;ridgeplot 与 gseaplot2 展示 GSEA 方向与 running ES;upsetplot、goplot、heatplot 提供专门视图。所有输出均为 ggplot 对象,可用 ggplot2 修饰并 ggsave 保存。

关键限制与常见问题:默认 dotplot 的 top-N 常是同一主题的重复词条,应先用 simplify() 或 pairwise_termsim→emapplot/treeplot 处理冗余;emapplot/treeplot 必须先运行 pairwise_termsim 填充 termsim;GeneRatio 是 k/n 而非效应量,不要当作富集强度;dotplot 默认 orderBy='x',顶部点并非最显著;showCategory 只是截断窗口,需在说明中标注总显著数与筛选依据;enrichplot 1.25.5+ 已将 cnetplot/emapplot/goplot 迁移到 ggtangle 并移除 cex_label_category、cex_label_gene、circular、colorEdge、group 等旧参数,需运行 ?cnetplot 等确认。具体安装命令与收费信息资料未提供。