SuperAPI AI 工具集

bio-molecular-standardization

数据与分析

查看项目

更新于 10-15 21:55

技能介绍

用途:把原始分子结构转换为一致形式,供机器学习训练、去重、注册和跨数据库连接使用;不标准化可能导致同一化合物的不同表示进入不同数据划分,造成数据泄漏、QSAR 输入失真与连接失败。

参考版本:RDKit 2024.09+ 与 chembl_structure_pipeline 1.2+;MolVS 0.1.1 为遗留包,自定义管线应使用 RDKit 维护的 rdMolStandardize。使用前用 pip show <package> 和 help(module.function) 核对签名。

主要能力:ChEMBL 管线用 standardize_mol(净化、官能团归一化、电荷标准化)与 get_parent_mol(去盐、选母体,返回 parent 与 exclude 标记),输出规范 SMILES。rdMolStandardize 支持显式 8 阶段管线:SanitizeMol、LargestFragmentChooser、Normalizer、Uncharger、TautomerEnumerator.Canonicalize、同位素清零、AssignStereochemistry、MolToSmiles(canonical=True)。

使用方式:chembl_structure_pipeline 为逐分子 API;ML 数据可用 InChIKey 分组并按均值聚合重复活性,记录重复数。互变异构需单独的显式步骤,不要默认将 ChEMBL 输出视为互变异构规范形式。去盐时 LargestFragmentChooser(preferOrganic=True) 优先有机片段;季铵等永久电荷不会被中和。

适用场景与限制:适用于化合物注册、去重、QSAR/ADMET 数据准备、对接前处理。互变异构规范化最具争议,无通用正确答案,应记录 RDKit 版本与评分规则。Enumerate 可能组合爆炸,应使用 Canonicalize 或 SetMaxTransforms/SetMaxTautomers 限制。遗留 MolVS 在新环境可能 ImportError,需迁移并比对输出。InChIKey 不匹配通常源于管线版本或盐、电荷、同位素、立体、互变异构处理不一致。具体安装命令与更多 API 细节暂未提供。