用途：面向微生物组扩增子数据，完成样本内（alpha）与样本间（beta）多样性分析，通常接在 ASV 表生成之后使用。
主要能力：用 phyloseq 构建对象，基于 seqtab、taxa 与样本元数据；用 estimate_richness 计算 Observed、Chao1、Shannon、Simpson 等 alpha 指标，并可借助 picante 计算 Faith's PD（需系统发育树）；支持稀释曲线与 rarefy_even_depth 抽平。beta 多样性提供 Bray-Curtis、Jaccard、加权 UniFrac 距离，配合 PCoA、NMDS 排序；统计方面含 Kruskal-Wallis、成对 Wilcoxon、adonis2 的 PERMANOVA 与 betadisper 检验离散度同质性。
使用方式：在 R 中加载 phyloseq、vegan、ggplot2，按示例读取 seqtab_nochim.rds、taxa.rds 与 sample_metadata.csv 构建对象；用 rarefy_even_depth(ps, sample.size = min(sample_sums(ps)), rngseed = 42, replace = FALSE) 抽平；用 adonis2(bray ~ Group, data = metadata, permutations = 999) 做组间检验。可视化可用 plot_richness、plot_ordination 或 ggplot2 自定义。
适用场景：群落差异比较、分组统计、排序展示及多样性图绘制。
限制：Faith's PD 与加权 UniFrac 需要系统发育树；NMDS 的 stress 应小于 0.2；部分依赖未在资料中列出的扩展包与 GitHub 安装包；输入文件格式与列名需与示例一致，具体参数与结果解释未在资料中完整给出。