用途：使用 R 语言 methylKit 包完成 DNA 甲基化数据分析，从 Bismark 覆盖度文件出发，完成过滤、归一化、合并与差异甲基化比较。
主要能力：methRead 读取 Bismark coverage 或 cytosine report 文件，指定 sample.id、treatment、assembly、context 与 pipeline；getMethylationStats 和 getCoverageStats 查看基本统计；filterByCoverage 按 lo.count、hi.perc 等过滤低或高覆盖 CpG；normalizeCoverage 用 median 方法做样本间归一化；unite 合并共同 CpG，destrand 合并双链，min.per.group 允许缺失；getCorrelation、PCASamples、clusterSamples 做样本相关性、PCA 与聚类；calculateDiffMeth 做统计检验，getMethylDiff 按 difference 和 qvalue 筛选显著位点，可分 hyper/hypo；tileMethylCounts 做窗口/区域级分析；reorganize 支持多组比较，pool 合并生物学重复；getData 导出数据框，配合 genomation 或 annotatr 做基因组特征注释。
使用方式：在 R 中加载 methylKit，先准备文件列表、样本 ID 和处理分组，用 methRead 读取，依次过滤、归一化、unite，再可视化或运行 calculateDiffMeth 与 getMethylDiff。差异分析常用 overdispersion='MN'、test='Chisq'、mc.cores 控制并行。
适用场景：Bismark 流程产出的甲基化数据下游分析，包括样本质控、单 CpG 差异甲基化、区域水平甲基化差异及结果注释导出。
限制：资料未提供安装方式、版本要求、运行环境细节、收费信息或效果保证；部分参数含义与默认值需自行核对；示例中的 genome、文件路径与分组需按实际数据替换。