用途：从 Bismark 比对得到的 BAM 文件中提取甲基化调用，使用 bismark_methylation_extractor 生成单个胞嘧啶水平的报告，覆盖 CpG、CHG、CHH 上下文，适用于甲基化数据分析流程。
主要能力：支持单端与双端（--paired-end）提取；可输出 gzip 压缩结果（--gzip）与 bedGraph（--bedGraph）；可用 --cytosine_report 配合 --genome_folder 生成全基因组胞嘧啶报告；可用 --CX 报告 CHG/CHH；可用 --no_overlap 避免双端重叠区重复计数；支持 --parallel 并行、--buffer_size 内存缓冲、-o 指定输出目录。默认输出链特异文件（CpG_OT、CpG_OB、CpG_CTOT、CpG_CTOB）；可用 --merge_non_CpG 合并链。可单独运行 bismark2bedGraph 生成覆盖度文件，格式为 chr start end methylation_percentage count_meth count_unmeth；可用 bedGraphToBigWig 转为 BigWig 可视化。
使用方式：基础提取命令为 bismark_methylation_extractor --gzip --bedGraph sample_bismark_bt2.bam；双端加 --paired-end。全基因组报告示例包含 --cytosine_report --genome_folder /path/to/genome/。M-bias 用 --mbias_only 生成文本与 PNG；可用 --ignore、--ignore_r2、--ignore_3prime、--ignore_3prime_r2 忽略末端偏倚位置。输出文件包括 CpG_context_sample.txt.gz、sample.bismark.cov.gz、sample.bedGraph.gz、sample.CpG_report.txt.gz，可配合 pandas 读取过滤覆盖度。
限制：--cytosine_report 需要提供基因组文件夹；相关技能包括 bismark-alignment、methylkit-analysis、dmr-detection。其他价格、平台与效果信息暂未提供。