用途：该技能用于亚硫酸氢盐测序（bisulfite sequencing）读段的比对，基于 Bismark 工具，可选 bowtie2 或 hisat2 作为比对引擎，并生成带甲基化信息的 BAM 文件。
主要能力：支持基因组索引一次性制备，生成 CT 与 GA 转换索引；支持单端与双端比对；支持定向、非定向（--non_directional）及 PBAT（--pbat）文库；支持 RRBS（Bismark 可自动处理 MspI 酶切文库）；可输出比对报告与核苷酸覆盖报告，并提供排序、索引、去重及统计查看配套流程。
使用方式：先制备基因组索引，命令为 bismark_genome_preparation --bowtie2 /path/to/genome_folder/ 或 --hisat2；单端比对使用 bismark --genome /path/to/genome_folder/ reads.fastq.gz -o output_dir/；双端比对使用 -1 与 -2 参数；可通过 --parallel 设置并行实例数，并通过 --temp_dir 指定临时目录。比对前可用 Trim Galore 做接头与质量修剪。输出为未排序 BAM，可用 samtools sort 与 samtools index 处理，WGBS 建议用 deduplicate_bismark 去重（RRBS 不推荐）。报告以 _SE_report.txt 等形式查看。
适用场景：WGBS、RRBS、PBAT、scBS-seq 等甲基化测序项目的读段比对，以及后续甲基化调用（如 methylation-calling）和 R 分析（如 methylkit-analysis）的前置步骤。
限制：资料未提供软件版本、运行环境、性能基准或收费信息；参数默认值如 -N 默认为 0、-L 默认为 20 请在运行时确认；去重是否适用需按文库类型判断；其余功能细节暂未提供。