用途：对宏基因组测序读段进行快速物种分类，基于 k-mer 比对参考数据库（如 RefSeq）。
主要能力：支持单端和双端读段的分类；可设置线程数、置信度阈值（--confidence）、碱基质量过滤（--minimum-base-quality）；支持内存映射模式以降低内存占用（--memory-mapping）；可只输出报告（--report，可配合 --report-zero-counts），或分别输出已分类/未分类读段（--classified-out/--unclassified-out）；可添加分类名称（--use-names）。数据库可用 kraken2-build 下载分类信息和指定文库（如 bacteria、archaea、viral 等）并构建，也可通过 --add-to-library 加入自定义序列，用 kraken2-inspect 查看数据库内容。
使用方式：基本命令为 kraken2 --db 数据库路径 --output output.kraken --report report.txt reads.fastq.gz；双端加 --paired 并给出 R1、R2 文件。报告列包括百分比、clade 读段数、直接分配读段数、等级代码（U/R/D/P/C/O/F/G/S）、NCBI taxon ID 和名称，可用 awk 按等级过滤，或用 pandas 解析。
适用场景：宏基因组初步分类、物种组成和丰度分析的起点。相关技能包括丰度估计（Bracken）、metaphlan 分析和宏基因组可视化。
限制：依赖预先构建的数据库；未提供数据库大小、运行硬件要求、性能数据或授权收费信息。