用途：对鸟枪法宏基因组的抗性基因内容（resistome）做分析。基于读段可对ARG做相对丰度定量，基于contig/MAG可做存在性判定。核心原则：ARG命中只是与参考数据库的序列匹配，宏基因组中的命中没有宿主也没有表达信息，因此只能报告“本群落中存在这些ARG序列及其相对丰度”，不能报告“该样本对某药耐药”。
主要工具：AMRFinderPlus（NCBI参考基因目录，按基因的精选阈值，默认contig判定工具）；RGI bwt（CARD同源模型读段比对，输出每个等位基因的覆盖度与深度）；AMR++/MEGARes（BWA-MEM加基因比例过滤与稀释化）；ARGs-OAP/SARG（两阶段注释并按16S/细胞归一化）；deepARG（深度神经网络，捕捉分歧较大的ARG）；GROOT（变异图比对，可分型带SNP的等位基因）；ABRicate（平坦80/80 BLASTn，仅获得性基因，不做点突变）。
用法示例：读段定量用 rgi bwt -1 R1.fq.gz -2 R2.fq.gz -a kma -n 16 -o sample --local；contig判定用 amrfinder -n contigs.fasta --plus -o amr.tsv。用 amrfinder -V、rgi main --version、abricate --list 核对软件与数据库版本。
关键限制：读段法低丰度灵敏度高并可定量，但无法提供宿主/可移动元件背景，点突变筛查不可靠；组装法可提供宿主背景但低覆盖度ARG往往无法组装，且宏基因组组装常在ARG边界断裂（Abramova 2024）。基因比例/覆盖广度（AMR++默认80%）是防部分命中假阳性的关键。--organism 只适用于单一已知物种的MAG，不适用于混合群落；CARD Loose 层级仅供发现，不用于监测。跨研究的“总ARG丰度”通常不可比。分离株抗性、MIC表型、分型与GLASS报告属另一技能（amr-surveillance）。