用途：该技能提供 XCMS3 的 LC-MS/MS 代谢组学预处理工作流，用于将原始质谱数据转换为可供下游分析的特征表，流程包含峰检测、保留时间对齐、峰对应（分组）和间隙填充。
依赖：需 Bioconductor 3.18+，xcms 4.0+，MSnbase 2.28+。
主要步骤与用法：
- 加载数据：用 readMSData 读取 mzML/mzXML 文件，mode='onDisk' 创建 OnDiskMSnExp 对象；用 table(msLevel(raw_data)) 检查数据。
- 定义样本分组：构建 sample_info 数据框（sample_name、sample_group、injection_order），通过 pData(raw_data) 赋值。
- 峰检测：中心化数据用 CentWaveParam（可设 peakwidth、ppm、snthresh、prefilter、mzdiff、noise、integrate），以 findChromPeaks 执行；轮廓数据用 MatchedFilterParam（binSize、fwhm、snthresh、step、mzdiff）。
- 保留时间对齐：推荐 ObiwarpParam（binSize、response、distFun、gapInit、gapExtend），用 adjustRtime 执行，并用 plotAdjustedRtime 检查。
- 峰对应分组：用 PeakDensityParam（sampleGroups、bw、minFraction、minSamples、binSize），以 groupChromPeaks 执行，查看 featureDefinitions。
- 间隙填充：用 ChromPeakAreaParam 或 FillChromPeaksParam，以 fillChromPeaks 执行。
- 提取特征表：featureValues(method='maxint', value='into') 得到强度矩阵，结合 featureDefinitions 的 mzmed/rtmed，用 write.csv 输出。
- 质控：绘制 TIC、每样本峰数柱状图、调整后 RT 图，并可用 pcaMethods 做 PCA。
- CAMERA 注释：用 xsAnnotate、groupFWHM、findIsotopes、findAdducts 进行同位素与加合物注释。
- 导出 MetaboAnalyst：转置特征值并生成含 Sample、Group 的输入 CSV。
适用场景：LC-MS/MS 非靶向代谢组学数据处理，以及向 MetaboAnalyst 等下游工具导出。
限制：资料仅给出上述参数与命令，未提供平台兼容性、性能、收费或效果信息。相关技能包括 metabolite-annotation、normalization-qc、statistical-analysis。