用途：对归一化后的代谢组学数据做统计分析与生物标志物发现。主要能力：单变量 t 检验并计算 FDR（BH 校正），计算 fold change 与 log2FC，绘制火山图；用 pcaMethods 做 PCA 并输出得分图与载荷；用 mixOmics 做 PLS-DA、交叉验证选最优主成分与 VIP 评分，以及稀疏 sPLS-DA 特征筛选；用 ropls 做 OPLS-DA 与 S-plot；用 randomForest 输出变量重要性；用 pROC 做 ROC/AUC；用 pheatmap 绘制差异特征热图。使用方式：在 R 中加载归一化数据与分组信息，按需运行上述代码，数据以行名为样本、列为特征。限制：资料未说明具体输入格式要求、软件版本、运行环境与结果解释标准，暂未提供；示例中的 feature_123 等占位符需替换为实际特征名。
bio-metabolomics-statistical-analysis
数据与分析
更新于 10-15 21:55