用途：把非靶向 LC-MS/MS 特征（m/z、保留时间、MS/MS）映射为候选化合物结构，并为每个名称附上明确的 MSI/Schymanski 置信级别。核心观点是：代谢物名称若不标注置信级别在科学上不完整；谱库命中只提供名称而非证据，高余弦分只能排名候选而不能证明身份，只有同一实验室、同一方法下的内标品（MS、MS/MS、RT 全部匹配）才达到 Level 1。
主要能力：matchms 做谱库匹配（CosineGreedy/ModifiedCosine/谱熵）给出排名与匹配峰数；SIRIUS+ZODIAC 做分子式重排；CSI:FingerID+COSMIC 给出可控 FDR 的结构；CANOPUS 直接预测化合物类别；MetFrag 做可解释的键断裂打分；FBMN（GNPS2）+MS2Query 做类似物传播。决策树按可用证据选择工具与可达级别。
必要用法：matchms 须先加 add_precursor_mz 过滤器，否则 ModifiedCosine 全返回零；评分须同时设分数与匹配峰数下限（如 ≥0.7 且 ≥6 峰）。matchms 0.33+ 的相似度类已改名 ModifiedCosineGreedy，字段名随版本和类前缀变化，应从 dtype.names 推导。SIRIUS 6 为一条命令链：sirius login -u "$SIRIUS_USER" 后执行 formulas、fingerprints、structures --database bio、canopus、write-summaries；子命令单复数在 v5/v6 间有差异，需用 --help 确认。
适用场景：有 MS/MS 且有谱库谱时做 Level 2a；无谱库谱时用 SIRIUS/CSI:FingerID/CANOPUS 或 MetFrag 得 2b/3；仅需类别时用 CANOPUS；找类似物用 FBMN；仅 MS1 时只能到分子式 Level 4；只有裸 m/z 时报为特征 Level 5。
限制：CSI:FingerID 与谱库匹配只恢复构成，不含立体化学，无法给出对映体/区域化学结论。同分异构体 CID 谱常相同，是“异构体墙”。源内碎裂与加合物级联会污染输入，须先用 CAMERA/Ion Identity/khipu 归并离子家族。把含糊特征的全部候选 ID 投入富集会造出幻影通路富集，须把不确定性带入下游。阈值引自文献，数据集依赖，非普适常数。缺失事实：未提供具体安装命令、价格或授权细节。