用途:对长读长测序数据(如 Nanopore)进行质量控制,包括统计、可视化、过滤与接头修剪。
主要能力:NanoPlot 可从 FASTQ、BAM 或 sequencing summary 生成交互式报告与多种图表(长度-质量散点、读长分布、累积产出等),输出 NanoStats.txt、NanoPlot-report.html 等文件;NanoStat 仅输出统计而不绘图;chopper 与 NanoFilt 可按质量、最小/最大长度及头尾裁剪过滤读段;Porechop 用于接头修剪与条形码拆分;seqkit 可快速统计与计算 N50;pycoQC 可从碱基识别摘要生成 HTML 报告。
使用方式:NanoPlot 示例:NanoPlot --fastq reads.fastq.gz -o nanoplot_output -t 4;NanoStat 示例:NanoStat --fastq reads.fastq.gz --threads 4;过滤示例:gunzip -c reads.fastq.gz | chopper -q 10 -l 1000 | gzip > filtered.fastq.gz;接头修剪:porechop -i reads.fastq.gz -o trimmed.fastq.gz --threads 8。chopper 常用参数含 -q、-l、--maxlength、--headcrop、--tailcrop、-t。质量阈值参考:Q7 约 80%、Q10 约 90%、Q15 约 97%、Q20 约 99%、Q30 约 99.9%。
适用场景:长读长数据预处理、过滤后用于比对或抛光等下游分析。
限制:资料未提供各工具的安装方式、版本要求、运行环境与性能数据;具体参数默认值以工具文档为准。